在软件商业秘密侵权案件中，软件商业秘密鉴定对案件的影响很大，但很少人知道软件商业秘密鉴定究竟包含哪些内容，只有清楚地知道这些内容，在软件商业秘密鉴定中才能不至于偏离鉴定方向。软件商业秘密鉴定主要有以下内容：
方法/步骤
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1、软件商业秘密鉴定的第一个内容：对软件代码的提取
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软件商业秘密鉴定只有对软件代码进行了提取，才能对软件代码进行鉴定，没有提取，到哪里去对代码进行鉴定呢?因此，软件商业秘密鉴定第一步就是对软件代码进行提取。
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2、软件商业秘密鉴定的第二个内容：软件代码使用过程对比
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在对软件代码名称进行对比后，下一个流程是对软件代码使用过程进行对比，这可能会涉及到使用过程中的加密、解密过程。但加密、解密过程本身不是软件商业秘密鉴定的对象，也不是软件商业秘密鉴定的必经流程，对于某些直接提交软件源代码、目标代码的案件中，软件商业秘密鉴定并不需要进行加密或解密。
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3、软件商业秘密鉴定的第三个内容：软件代码名称对比
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软件商业秘密鉴定的第3个流程是软件代码名称对比。软件代码名称对比主要是对其安装后的目录，以及各文件进行对比。比如：软件代码表观现象比较，包括文件名、文件属性、文件建立时间、文件上传时间、文件修改的时间、文件长度等几个部分。软件代码名称对比，是在软件代码提取、安装完成后下一个流程，是从外而内、由表及里、从表面到形式，是软件商业秘密鉴定的进一步深入。
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4、软件商业秘密鉴定的第四个内容：软件代码实质内容的对比
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软件商业秘密鉴定的第五个流程是软件商业秘密鉴定本质意义上的鉴定，是针对具体软件代码内容展开的鉴定，即对软件代码实质内容的对比。跟该流程相比，软件商业秘密鉴定的第三、第四个流程只是形式对比。该对比将直接决定着软件商业秘密鉴定意见，即软件代码相同或相似的比例是多少，是否具有复制关系。
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综上，软件商业秘密鉴定主要包含4个内容，分别是软件代码的提取、使用过程的对比、软件代码名称、软件代码实质内容的对比因此，在进行软件商业秘密鉴定时，需要明确上述4个流程主要的鉴定内容。