1、软件商业秘密鉴定的程序性鉴定内容 所谓软件商业秘密鉴定的非实质性鉴定内容，主要是针对软件代码实质性内容相对而言，就是不是对代码本身的鉴定，但是对软件商业秘密鉴定又有意义的部分，主要包含以下几个：
(1)软件代码的安装 软件代码的安装也不是软件商业秘密鉴定的必经程序，有时软件代码可以不经过安装就可以进行对比的情况下，就无需进行安装;但有些代码只有安装了以后才可以运行，才能进行对比，这种情况下的软件商业秘密鉴定就需要对代码进行安装。
(2)软件代码加密、解密过程 软件代码使用过程主要是针对软件代码的加密、解密过程而言，但加密、解密过程并不是软件商业秘密鉴定的必经程序，比如说，有些软件代码本身并没有进行加密，也就谈不上解密的问题，在进行软件商业秘密鉴定时，直接将软件代码进行比对就可以了。
(3)软件代码名称 一般而言，一个软件代码里包含多个不同的软件模块，在执行工作的时候，涉及到软件代码模块的调用，各个软件代码模块可能具有不同的名称，名称出现错误，可能导致调用错误，从而影响整个软件代码的运行。在进行软件商业秘密鉴定时，很多时候会对软件代码的名称进行对比，然后在对软件代码进行对比，在司法鉴定中，侵权人有可能对软件代码的名称进行了变更，但是软件代码内容没有更改，这样侵权仍然成立。
2、软件商业秘密鉴定的实质性鉴定内容 软件代码对比是软件商业秘密鉴定的实质性内容，对软件商业秘密鉴定意见有决定性的影响，这是进行软件商业秘密鉴定的核心部分，因为软件商业秘密鉴定就是对软件代码的比对，离开软件代码比对，就谈不上软件商业秘密鉴定。对软件代码对比究竟涉及到哪些内容呢，主要包括软件包含程序和文档，程序指为了得到某种结果而可以由计算机等具有信息处理能力的装置执行的代码化指令序列，或者可被自动转换成代码化指令序列的符号化指令序列或者符号化语言序列，包括源程序和目标程序。
综上，软件商业秘密鉴定包含实质性鉴定内容和程序性鉴定内容，二者是两个不可分割的组成部分，脱离任何一个部分，软件商业秘密鉴定就无法正常开展。因此，在软件商业秘密鉴定中需要理解并把握软件商业秘密鉴定实质性鉴定和软件商业秘密鉴定程序性鉴定各自的内容以及关系。