明确商业秘密以及侵权行为的认定标准。明确商业秘密的法定构成要件，对商业秘密常见的侵权行为进行分类，明确商业秘密侵权行为的构成要件。由于权利人主张的商业秘密内容繁多，不限于法律法规所列举的种类，而且现行法律保护制度对商业秘密既未规定统一的认定标准，更未规定专门的认定机构，如果仅由一般司法人员或行政执法人员进行认定，不仅缺乏操作性，也不具备科学性。
确立专门的商业秘密鉴定委员会。可以成立商业秘密评审委员会对有关商业秘密争议进行裁定，也可以成立专门的商业秘密集体管理组织行使与商业秘密有关的权利。
增加对商业秘密权利人的限制性规定。在现有对于通过自行开发研制或者反向工程等方式获得商业秘密的行为不认定为侵犯商业秘密行为规定的基础上，增加因社会公共利益需要强制商业秘密权利人承担一定披露义务或许可使用义务的规定，并就商业秘密的使用确立权利穷竭原则和善意取得制度。商业秘密的秘密性特征决定了商业秘密权利人对商业秘密的专属性，尽管商业秘密属于私权利，但国家如出现紧急状态或非常情况时，出于社会公共利益的目的，商业秘密权利人应当在必要范围内披露或许可国家使用，但应当对商业秘密权利人予以适当补偿。
建立惩罚性民事赔偿机制，提高商业秘密的侵权赔偿数额。在现行侵犯商业秘密民事责任补偿性赔偿规定的基础上增加惩罚性赔偿规定，要求侵权行为人赔偿权利人的实际损失外，还要求侵权行为人向权利人支付惩罚性赔偿金。目前我国法律规定的侵权赔偿数额与侵犯商业秘密所获得的巨额利润相比违法成本太低，在实际执行当中很有可能起到减轻侵权人的责任宽纵侵权行为的相反作用。而有关赔偿额为侵权人在侵权期间因侵权所获得的利润的规定对侵权人根本起不到制裁的法律效果，反而有可能助长侵权人肆无忌惮的去实施侵权行为。
建立商业秘密侵权案件的诉前临时措施制度。诉前临时措施主要包括临时禁令、诉前财产保全和诉前证据保全三种，使诉前临时措施有法可依，及时制止侵权行为，保全侵权行为证据，有效防止权利人损失的扩大。在现有法律体系下，对于商业秘密侵权案件申请诉前责令停止侵权行为没有法律依据。一般侵犯商业秘密案件的审理周期都比较长，如果侵权行为最终得以认定，漫长的诉讼期间无异于是合法延缓了对侵权行为的制裁，客观上形成了未能及时有效保护商业秘密权利人权益和导致损失数额不断扩大的后果。