将要产卵的红小丑鱼会用嘴仔细地清除岩上的藻类和污物等作为将来的产卵床，用尾鳍拂去岩石周围的砂士，认真地进行岩石的清洁。其后，雌鱼(雌鱼比雄鱼大，体色黑腹部伸出几毫米长的输卵管)在岩石上摩擦自已的腹部，将卵一粒粒地产下。雄鱼也像雌鱼一样，在卵上磨擦射精，雄雌鱼交替产卵。射精，约1小时产完卵。两次产卵数约1000枚左右。产卵后，亲鱼不会离去，而用口和胸鳍除去卵上的杂物，扇动水流，继续进行着卵的孵化，这种行为，雄鱼比雌鱼显得更加积极主动，并随着孵出时日的到来，保护行动与日俱增。
繁殖条件 红小丑在小玻璃水族箱(60厘米X30厘米X45厘米)中也可以产卵在水族箱中放上作为产卵床的石子1-2块(也有的放空心砖)，水温保持在25-30度C。小丑鱼有强烈好斗的习性，对团的环境有强烈的地域性和攻击性。到了繁殖期会更加明显，尤其是雄鱼选定地方后，会无休止地清理“领域”，任何人侵者都会遭到强烈的攻击，边人手伸入都会被咬痛而惊叫。假若条件合适，终年可以繁殖。
受精卵长径为2.6-2.9毫米短径为0.9-1.0毫米，卵呈长椭圆形，系沉性卵，在长轴的一端有纤维状的附着丝，附着在卵床上，卵膜无色透明，呈橘黄色。当水温在27-29度C时，受精卵3小时内进入8细胞期，大约5小时后进入32细胞期，并继续增长，至10小时，胚胎即进入桑葚期。在受精后第二天，大约19小时，原肠胚形成，至第28小时后，胚胎的身子开始成形，小鱼的头部向下，接着可以看到眼睛，而身体上也出现了6-14体节。第三天的胚胎，眼睛有最显著的发育，而体节也已大致全部形成。这时候，在解剖镜下，可清晰看到心脏每分钟跳动约140次。脑脊椎也相继出现，胚胎的卵黄已稍为减少，由原来的粉红色成深橙色，在头部更出现放射状的色素细胞。
第四天，脑眼睛和心脏有更进一步的发育，黑色的眼睛尤为突出。这时候心跳加速，增至每分钟200次。在身体主要血管内可以看到血液循环的情况。至于色素细胞，则开始在下腹部成两行排列。 本文来自我要鱼水族网。
到了第五天，身体的鳍条已形成，循环系统更为复杂，而心脏也由原来淡淡的颜色变为鲜红，至于卵黄到这时就显著减少了。第六天，可以看到口及鳃盖。第7天，胚胎与前一天没有太大分别，已经可以看到鳃的构造，而仔鱼的卵黄已接近消失，也就是说已经接近卵出的阶段，鱼卵内眼睛部分有虹彩，会闪烁发亮，从眼睛部分有光亮程度可以预测孵出日期。