首先从化学结构来看，花青素与原花青素是两种完全不同的物质，原花青素属多酚类物质，花青素属类黄酮类物质。原花青素也叫前花青素，在酸性介质中加热均可产生花青素，故将这类多酚类物质命名为原花青素。
其次两种物质在颜色上也有差异：花青素是一种水溶性色素，是构成花瓣和果实颜色的主要色素之一，可以随着细胞液的酸碱改变颜色。细胞液呈酸性则偏红，细胞液呈碱性则偏蓝。原花青素是无色的，是由不同数量的儿茶素或表儿茶素结合而成。
另外是花青素与原花青素所存在的区域不同。原花青素广泛存在于植物的皮、壳、籽中，比如葡萄籽、苹果皮、花生皮、蔓越莓中;花青素广泛存在于如蓝莓、樱桃、草莓、葡萄、黑醋栗、山桑子等，其中以紫红色的矢车菊色素，橘红色的天竺葵色素，及蓝紫色的飞燕草色素等三种为自然界常见。
花青素与原花青素两者之间的联系，花青素与原花青素同为类黄酮类，两者都是以3个芳香环结构为基底，两者都是一种强效抗氧化剂。
花青素是纯天然的抗衰老的营养补充剂，研究证明是当今人类发现最有效的抗氧化剂，它的抗氧化性能比维生素E高出五十倍，比维生素C高出二百倍。它对人体的生物有效性是100%，服用后二十分钟就能在血液中检测到。
冻干花青素是以蓝莓、黑莓、黑枸杞、黑加仑、红枸杞、蔓越莓、桑葚、蓝靛果、红树莓等九种浆果利用低温冻干技术和破壁粉碎发酵冻干而成的花青素粉末。采用低温冻干工艺，是指在0℃以下进行，即在九种浆果冻结的状态下进行。在真空条件下，当水蒸汽直接升华出来后，浆果和活性物质剩留在冻结时的冰架中，形成类似海绵状疏松多孔架构，因此它干燥后体积大小几乎不变。采用超微破壁粉碎技术和超低温冻干技术（FD）可以保持浆果内有益菌和花青素活性。
花青素作为一种安全无毒的营养型天然食用色素倍受瞩目。因其具有一定的营养和药理作用,在保健食品、化妆品、医药、食品添加剂等领域都有着较大的应用。