利用Preferences命令可以检查被选ChemDraw结构或结构的一部分，或说明公式模化的化学意义，这个算法依据的是通常的化合价和元素以及已定义的俗名。
方法/步骤
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一、检查所有被选ChemDraw结构原子的化合价1、用【选择】工具选择需要检查的ChemDraw结构；
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2、从Structure菜单中选择Check Structure命令，此时所选结构中的每个原子符号都依次被检查，如果有一个符号不正确，将出现下图【检查结构】对话框，引起问题的原子将会被选择（蓝色阴影处）；
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3、在【检查结构】对话框出现以后若想继续检查这个结构，单击Ignore即可；
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4、在【检查结构】对话框出现以后若想终止检查这个结构，单击Stop即可，此时错误将被选择。
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二、复制结构至剪切板时检查结构在ChemDraw软件中，定义复制任何结构到剪切板时软件都执行一次分析和检查结构的方法：1、从File菜单中选择Preferences；
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2、单击Check Structure When Copying to Clipboard or Exporting（复制至剪切板或导出时检查结构）复选框；
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3、单击OK按钮后，出现的【检查结构】对话框将给出错误所在，如上图的蓝色阴影处。
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