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新挖的水井，只要水质没有问题，水源没被污染，一般不需要消毒的，只有在挖井的时候污染了井壁，以及井壁建筑材料带有害浮尘的情况下，才需要消毒。在消毒前，先用清水洗净井壁，然后抽干污浊的泥浆水，等水井恢复满水状态后，按每立方米水量投放1千克的量投放明矾等絮凝剂。絮凝剂浸泡24小时，然后抽干水,等待水井恢复满水位后，再按每立方米水量投0.5千克的量投放漂白粉等消毒杀菌剂，浸泡24小时，然后抽干水井，反复满水抽干三次以上。如果是水泥浇筑的井壁，消毒后也不能立即食用井水，最好浸泡一个月以上，期间不断重复满水抽干操作，以洗去水泥浮沉，除去水泥味。需要注意的是，消毒用的絮凝剂和杀菌剂，千万不可图便宜采用工业类的，一定购买生活用的。
如果是密封的水井经常抽上来青苔，很多人会误以为水井里长苔藓了（当然，也可能长青苔，但可能性不大），错误地对井水杀菌，其实是管道的积水处长青苔了，脏水管污染了井水，需要清洗管道了。堵住水管的井端，然后往水管里灌白醋，灌满后浸泡水管24小时，最后把白醋排出，抽水冲刷水管即可。
如果水源处被污染了，在水井处进行消毒杀菌，是无济于事的，杀菌一次新水来了还是一样的带病菌，因此，这种情况在用水端消毒杀菌更有利。非直接饮用的生活用水，用漂白粉等杀菌剂消毒即可。需要注意的是，间接食用的水一定要选用食品级消毒剂，严格按照说明使用消毒剂的量，投放消毒剂后，最好让水在敞口的容器里静置24小时以上，让余氯等挥发掉。
如果是直接饮用的水，则最好在用水端用净水消毒器等净水设备进行消毒杀菌。净水器的滤芯和滤膜要按规定经常清洗或更换，否则达不到消毒效果。
必须将井水再循环以在整个水系统中彻底混合消毒剂。将软管连接到位于压力罐后面的外部硅藻，然后将水流回井中（这也冲洗井的上部）。在循环水约15分钟后，应存在强烈的氯气味; 如果没有，请重复步骤4和5。
让消毒后的井水在系统中静置至少6小时 - 最好是过夜。打开外部水龙头并冲洗系统，直到井水无氯（直到你闻不到任何氯）。在系统中的每个水龙头上重复冲洗操作。