aspera怎么使用

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安装 首先,到aspera网站下载你的操作系统对应的aspera connect。(如果选Linux,下载以后会是一个几M大,内嵌二进制代码的shell脚本。不需要root或者sudo权限,直接安装之: $ sh aspera-connect-2.4.7.37118-linux-64.sh

安装好以后,会在HOME目录下新建一个叫.aspera的目录,有两个文件比较重要: 一个是ascp的可执行文件: ~/.aspera/connect/bin/ascp 另一个ascp的密钥文件:(密钥文件每次下载时候需要用-i参数输入) ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.putty

建议将密钥备份到HOME目录下方便使用: $ cp ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh ~/ 或者是.putty结尾的文件(试下吧 哪个能下用哪个) 再把aspera-license复制到系统目录 ~/.aspera/connect/etc$ sudo cp aspera-license /usr/local/bin/ 再把ascp可执行文件的路径加入PATH变量中 vim/etc/profile

在文档最后,添加: export PATH='目录:$PATH' 保存,退出,然后运行: source/etc/profile

使用 执行以下两条命令(注意最后要加点号“.”,表示当前目录) 从EBI下载: $ ascp -i ~/asperaweb_id_dsa.openssh aliyunzixun@xxx.com:/vol1/fastq/SRR576/SRR576938/SRR576938.fastq.gz .从NCBI下载: $ ascp -i ~/asperaweb_id_dsa.putty aliyunzixun@xxx.com:/sra/sra-instant/reads/ByRun/litesra/SRR/SRR096/SRR096072/SRR096072.lite.sra . 这个时候的速度相比应该已经很快了,大约能达到9Mb/s以上,如果还嫌慢,可以在-i 参数的前面添加几项设置,像这样: ascp -QT -l 100M -i ~/asperaweb_id_dsa.openssh aliyunzixun@xxx.com:/vol1/ERA012/ERA012008/sff/library08_GJ6U61T06.sff 这样可以将速度提高到20Mb/s左右,偶尔能达到100Mb/s。