流感疫苗和肺炎球菌多糖疫苗：免疫功能低下的患者一旦感染流感病毒，可产生严重后果，或继发细菌感染产生严重后果。同样，肺炎球菌感染可引起败血症、肺炎、脑膜炎等并发症，是免疫低下病人死亡的重要原因。类风湿关节炎和狼疮患者接种这两种疫苗是安全有效的，但免疫效果比健康者差。2008年美国风湿病学会指南推荐，应用来氟米特、甲氨蝶呤或柳氮磺吡啶的类风湿患者可接种灭活疫苗，避免接种活疫苗。流感疫苗应每年接种1次，不应通过鼻粘膜接种减毒活疫苗。肺炎球菌多糖疫苗每2-3年接种一次。
乙肝疫苗：乙肝病毒是引起慢性肝病的重要原因。免疫功能低下的风湿病患者感染后更易出现慢性携带状态，导致慢性活动性肝炎、终末期肝病和肝癌。目前尚无乙肝疫苗在风湿病患者中应用指南。乙肝疫苗可引起狼疮性脂膜炎加重，但前瞻性研究显示，乙肝疫苗对缓解期狼疮患者是安全的。因不是活疫苗,对免疫力低下的风湿病患者是安全的，只是效果较差。
狂犬疫苗：目前所用的狂犬疫苗是灭活疫苗，引发脑炎的机率降低。接受激素和其他免疫抑制剂的风湿病患者，皮内注射疫苗所获的抗体滴度较低，故建议肌内注射疫苗。
B型流感嗜血杆菌疫苗:成年免疫低下的患者如未接种过，可考虑接种。
脑膜炎球菌疫苗：因为狼疮等弥漫性结缔组织病患者有功能性无脾、补体C3缺乏，应接种脑膜炎球菌疫苗。
甲肝疫苗：尚无甲肝疫苗在风湿病病人中应用的指南。已有灭活疫苗，该疫苗对免疫低下的病人是安全的，只是效果较差。
带状疱疹疫苗：风湿病患者发生带状疱疹的机率较高，且一旦出现，往往皮疹严重，难以治愈，出现内脏播散或死亡的机率也增高。2006年低温冷冻干燥减毒活疫苗问世，效力高，适合于免疫功能正常者，而不推荐用于免疫低下、正服免疫抑制剂、急性带状疱疹或疱疹后神经痛的患者。对年龄超过60岁、服低剂量MTX (≤0.4 mg/kg/wk)或激素(≤ 20 mg/d，时间< 2 周)或依木兰（≤ 3 mg/kg/d ）的类风湿患者，也可接种该疫苗。不推荐用于其他结缔组织病患者，如需进行接种，应在使用免疫抑制剂前2周进行。