化肥农药的过度使用是当前农业水源水污染的重要原因。为了减轻农业水源污染，要从源头防控，合理施肥、科学施肥、降低施肥量。从农田水利设施上进行减污相对简易可行，可以构建具有两套措施、四道防线的塘堰湿地——生态沟综合系统。
第一套措施及第一道防线
第一套措施也是第一道防线是田间节水灌溉、控制排水和水肥综合调控，即施肥总量不减少，把施肥时间与降雨、灌水配合起来，并用节水灌溉和控制排水的方法减少污染物的排放量。该防线可以使得氮磷的排放量减少20%～30%。
第二套措施及第二、三、四道防线
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第二套措施： 是要建立生态草沟—小型(塘堰)湿地综合系统，而这套系统包含第二至第四的三道防线。
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第二道防线： 是建立田边、田与田之间的田间草沟，在沟里栽种适宜的植物，但是不施肥;这样做可以淡化田里流出水中来的氮、磷等浓度，可以达到降解农业面源污染的效用。 一般条件下，长100米左右的草沟承接10～20公顷的农田排水，可以降低15%～25%的氮磷浓度。流程长的田间草沟，降解氮磷的效果更高。
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第三道防线： 是建立小型的人工湿地，对草沟里流出来的水作进一步处理。利用原有塘堰或将一些低洼地改造成具有良好净化效果的小型湿地，对氮磷进一步降解。湿地改好以后，必须要种植物。可以种的植物有：水莲、菖蒲、灯心草等等。湿地可降低水中氮、磷浓度30%～50%。
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第四道防线： 是建设骨干生态沟，水从湿地里流出来，经过骨干生态沟又起到降解氮磷浓度20%～30%的作用。 从田间到草沟到湿地再到骨干生态沟，氮磷浓度可降解70%～80%。
注意事项
两套措施四道防线，对于解决农业面源污染问题非常有效。
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