利率风险控制是商业银行实现有效利率风险把控的关键，同利率风险是衡量一起构成商业银行利率风险管理的重要组成部分。在利率预测和利率风险衡量的基础上，进行利率风险控制的具体方法主要有：一是传统的表内管理方法，通过增加(或减少)资产或负债的头寸，或者改变资产或负债的内部结构(例如构造免疫资产组合)，达到控制利率风险的目的；另外则是表外管理方法，主要是为现有资产负债头寸的暂时保值以及针对个别风险较大，或难以纳入商业银行利率风险衡量体系的某一项(类)资产或负债业务，往往是通过金融衍生工具等表外科目的安排来对其进行套期保值。
对以前文献较少涉及的表外衍生工具方法进行了深入分析。在具体规避和控制资产负债表和具体金融资产负债工具产生的利率风险时，国外许多银行大量运用多种金融衍生工具和金融交易创新来实现利率风险控制，例如荷兰银行认为：衍生工具的运用与对利率和通货风险的管理是融为一体的；标准渣打银行在对风险管理回顾中专门有一节谈到衍生工具的运用，不论对银行还是其客户而言，衍生产品是一种重要的风险管理工具，因为它们能被用做管理价格，利率和汇率波动所带来的风险。
正如内含期权风险衡量一样，内含期权风险控制也是利率风险控制的难点。前文(内含风险衡量部分)指出，商业银行具有的内含期权风险，主要指银行活期存款随时提前支取和银行个人住房贷款提前偿付而带来的利率风险。这里就更一般更广的意义而言，对商业银行影响较大的内含期权风险有两种：第一是核心存款客户的随时取款风险，第二是借款人的提前偿付风险。
在利率上升时，不同的存款人有不同的行为选择。出于投机性动机的存款人将行使提款期权，以投资于高收益产品；出于交易性动机和预防性动机的存款人将放弃提款期权。在不完全、对称信息模型中，存款人提款在两期内完成，利率变动的长期趋势是不确定的，银行的最优选择是计算出稳定的平均存款余额，这是银行满足流动性需求、应对存款人随机提款的重要参数。在不完全、非对称信息模型中，存款人具有信息优势，银行只有通过贝叶斯学习过程才能不断地改进由于信息不对称所造成的决策误差；同时银行并非处于完全被动的地位，通过建立金字塔式的存款人层级制度激励机制，可在一定程度上激励不提款人群和约束提款人群，减少信息劣势的负面影响，并在某种程度上实现了银行和存款人目标函数的一致性，从而有利于合作均衡解的实现。不考虑个别存款人的流动性需求，忽略高级别存款人的短期行为，当利率上升时，存款人和银行的长期均衡选择应该是(不提款，升级)。而银行在日常的经营管理中，一方面应该加强利率预测，跟踪利率的短期和长期走势，做好事前防范；另一方面要不断增强银行的资本金实力，以提高突发事件下应对挤兑风潮、避免破产风险的能力。
衡量利率风险是商业银行进行利率风险控制的基础，是商业银行利率风险管理的重要组成部分。利率风险衡量的方法较多，商业银行常用的方法包括期限缺口法、持续期分析法、净现值分析法和动态模拟分析法。期限缺口法、净现值分析法和动态模拟分析法对银行总体利率风险进行衡量，持续期分析法既可衡量银行总体利率风险，也可衡量银行单个资产或负债价值的利率风险。从方法上基于的价值体系来看，利率风险衡量方法可分为账面价值法和市场价值法。期限缺口法是典型的账面价值法，净现值分析法是典型的市场价值法。持续期分析法的价值体系界于二者之间，但主体仍属于市场价值法。动态模拟分析法则既可用于账面价值分析，也可用于市场价值分析，不失为一个好方法。
作为金融资产或产品定价的基础的金融市场基准利率的确定、期限结构构造及其预测，是商业银行利率风险管理的前提。检验析表明，因此，银行间债券市场利率(或称收益率)可作为长期基准利率，且银行间债券市场的回购利率充当短期基准利率优于交易所债券市场回购利率。就短期基准利率确定比较分析表明，在基准利率的市场性、基准性、相关性和相对稳定性四个方面，银行间债券回购利率作为短期基准利率优于同业拆借利率。另外，进一步选取相关性较强的银行间债券市场回购利率、同业拆借利率、一年期存款利率和再贴现利率，进行充当基准性作用Granger因果检验，表明银行间债券回购利率作为基准利率无论是在成因性层面还是在无风险性层面均优于同业拆借利率。