颜色、透明度 一般而言，紫晶和黄水晶是常见水晶中价值较高的品种。两者进一步的分级是根据它们的颜色深浅，颜色较深的为A级，稍浅的为B级。一般来说，颜色较深的价值高，但不要以深暗为标准哦。颜色包括两种，一种是水晶本身的颜色，另一种是内部包裹体的颜色。水晶本身的颜色要艳丽、纯正，分布要均匀，不能太浅或太深，例如好像澳洲玉，蓝玉髓，紫晶，黄水晶，其价格就高了。无色水晶内含包裹体的颜色艳丽，其价格也高，如钛晶、绿幽灵、红兔毛。紫水晶一般已稍有云状物、颜色深紫、晶体通透为上品。 按透明度指标，水晶越透明，价格就越高，好的透明水晶加工出的成品晶莹剔透、光辉耀眼。透明度高的水晶能提升颜色的艳丽，否则显得呆板无灵性。光学水晶要求全透明、无双晶、无杂质。工艺水晶要求透明，少裂、少瑕疵。
特殊图案及包裹体 玉石纹理如果能形成美丽的花纹、图案，其价格就高，如玛瑙内红白相间的色带有规律的排列，形成缠丝玛瑙时，碧玉中的不均匀颜色形成一种美丽风景图案时，材料的价值将提升。当水晶内包裹体形成美丽图案时，如幽灵水晶、风景水晶，或者针状包裹体呈束状排列时，其价值都高于普通水晶。图案越美观、越有意境越好。 发晶的价值取决于发的颜色、罕见性及大小，一般是发色鲜艳、块度大的价格高。水胆水晶的价值主要取决于水胆及晶体的大小、透明度的高低。如果水胆较大并有一定形态，便可加工成交为珍贵的工艺品。
块体的大小 水晶的价值还与晶体的大小有关，同样的颜色和净度级别，块越大越难得。有时候质量级别虽低一些，但晶体够大，也可能价格高于高级别的小晶体。
净度 无色水晶以晶莹美丽、洁净透明著称。衡量无色水晶主要看它的纯度，越纯、越透明越好。干净的、无瑕疵的、杂质少的价值就高。无色水晶如果很脏，就没有利用价值了。
质地 杂质、裂纹越少越好。质地好的水晶制品，因看不到星点状、云雾状和絮状分布的气液包裹体或组成玉石的颗粒，有裂纹、斑点则属次品。
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水晶的价值根据品质、块体的大小、美感和产量的多少的不同相差较大。遇到好的水晶要敢于下手，但好的水晶大家都想得到，值与不值，就要看经验了。
由于天然水晶的开采和制作原因，没有瑕疵的水晶很难得到，纯净的饰品要达到与合成水晶媲美的品质，实在很难的。在目前市场上，得到质量上乘的水晶已很不容易了。