丢失了已开具增值税专用发票，应于发现丢失发票当日按规定办理发票遗失、损毁报告，并进行挂失后的处理。具体步骤如下：
方法/步骤
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办理发票挂失手续深圳纳税人丢失了已开具的增值税专用发票发票联和抵扣联时，应由丢失方于发现丢失发票当日向其主管税务机关挂失发票。您可携带办税指南规定资料前往主管税务机关办理挂失报备，也可以选择在电子税务局进行预申请，并于5日内到办税服务厅完成业务办理（电子税务局挂失报备预申请路径：【办税桌面】-【我要办税】-【综合信息报告】-【特定涉税信息报告】-【发票挂失、损毁报告】）。
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“发票遗失、损毁报告”所需资料如下：（1）《发票挂失/损毁报告表》1份；（2）对于发票遗失、损毁且发票数量较大在报告表中无法全部反映的纳税人，还需提供《挂失/损毁发票清单》1份。（表单可在国家税务总局深圳市税务局网站“纳税服务”-“下载中心”-“表格下载”栏目（具体下载地址）下载，或到办税服务厅领取）
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挂失后的处理（1）丢失发票联：可凭相应发票的抵扣联复印件，作为记账凭证；（2）丢失抵扣联：可凭相应发票的发票联复印件，作为增值税进项税额的抵扣凭证或退税凭证；（3）丢失发票联和抵扣联：纳税人同时丢失已开具增值税专用发票的发票联和抵扣联，可凭加盖销售方发票专用章的相应发票记账联复印件，作为增值税进项税额的抵扣凭证、退税凭证或记账凭证；
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