1、去皮：利用机械或人手方式将果皮与大多数的果肉去除。所有加工方法都需要去皮。
2、发酵：借由发酵去除果核外的黏液跟薄膜，由于发酵的时间长短会影响咖啡的风味，因此每家厂商都有各自的发酵时间。半水洗法和水洗法最大的分别是发酵时间的不同，半水洗法发酵时间通常很短甚至不发酵，例如苏门答腊的咖啡豆。在拉丁美洲和非洲产的咖啡豆通常都使用水洗法。自然干燥法也没有发酵的过程。
3、干燥：根据产地和季节的不同，不同地区的咖啡会使用不同的干燥方式。采用室外干燥的方式会令咖啡豆产生一种“大地”或者“泥土”的气息
4、烘焙：咖啡生豆透过烘焙，可以释放出咖啡特殊的香味，每一颗咖啡豆蕴藏其香味、酸味、甘甜、苦味，如何淋漓尽致的释放出来则观其烘焙的火候，从淡而无味的生豆，到杯中余味无穷的香醇，烘焙--是每一颗咖啡豆漫长的旅行中，勾画性格、孕育香味极重要的一个步骤。
咖啡豆在这场长约一二十分钟（与温度成反比）、温度高达摄氏两百多度，在与火热切对话的过程中，历经多次化学变化，发出一次爆、二次爆，如爆米花似的响声，并丧失水分。从生豆、浅焙、中焙到深焙，水分一次次释放，重量减轻，体积却慢慢膨胀鼓起，咖啡豆的颜色加深，芬芳的油质逐渐释放出来，质地也变得爽脆。在生豆中，蕴涵大量的氯酸，随着烘焙的过程，氯酸会逐渐消失，释放出令人熟悉而愉悦的水果酸，如醋酸、柠檬酸和葡萄酒中所含的苹果酸，烘焙恰倒好处的将这些美好的酸味适度的呈现出来。
浅度烘焙（肉桂烘焙）──当豆子迸发出第一声轻响，体积同时膨胀，颜色转变为可口的肉桂色。酸性主导了浅焙豆子的风味，质感和口感都尚未充分发挥，一般做为罐装咖啡使用。
中焙（城市烘焙）──咖啡豆呈现出优雅的褐色。这种烘焙的方法又叫city roast。中焙能保存咖啡豆的原味，又可适度释放芳香，因此牙买加的蓝山、哥伦比亚、巴西等单品咖啡，多选择这种烘焙方法。在20分钟时，油脂开始浮出表面，豆子被烈火烫烧出油亮的深褐色，称为full-city roast,这时咖啡的酸、甜、苦味达到最完美的平衡点，咖啡豆的性格也被线条分明的刻画出来。
深焙（意式烘焙至法式烘焙）──咖啡豆的颜色越深，风味也更甘甜香醇，这时油脂已化为焦糖，苦尽回甘，余味无穷，最适合酝酿强劲的意大利Espresso，所以又称为意式烘焙法。适度的烘焙赋予咖啡豆生命，化为入口时耐人寻味的酸甜苦涩。对咖啡因敏感的人，不妨选用深焙的豆子，因为在深焙的过程中，咖啡因会慢慢的逸失，所以越深焙的豆子，其咖啡因的含量越是低，一杯Espresso中的咖啡因含量，只有其他中焙咖啡的一半，一般Espresso咖啡容量少，若等同一般咖啡的容量时咖啡因含又高了很多。
目前消费咖啡最大量的地区是欧洲和北美洲。在欧洲，大多数咖啡馆采用的都是意式烘焙（Italian Roast)或者浓缩烘焙(Espresso Roast)的咖啡豆，Espresso是欧洲的标志。而在美国和加拿大，人们更喜欢美式咖啡，一种Espresso加水的咖啡。在美国西岸，通常法式烘焙（French Roast）咖啡被认为是咖啡豆的最深烘焙程度，但在东岸，意式烘焙则被认为是咖啡豆最深的烘焙程度。