一、应当明确原告指控被告侵权行为的具体类型。《反不正当竞争法》第10条规定的商业秘密侵权行为包括三种类型： 1．被告非法获取、披露、使用或者允许他人使用非法获取的商业秘密； 2．被告未经权利人许可披露、使用或者允许他人使用合法获取的商业秘密； 3．第三人明知或者应知以上行为，仍然获取、使用或者披露他人的商业秘密。
二、根据被告不同的侵权行为类型，审查原告提供的侵权证据及被告的抗辩意见及证据。不同的侵权行为，对原告应当承担的举证责任要求不同。通常情况下，绝大多数商业秘密纠纷案件系因原告的高管或职工跳槽后进行同业竞争引发争议，而侵犯商业秘密行为本身具有秘密、隐蔽的特点，对原告举证证明被告实施侵权行为要求较高。 为解决举证难的问题，在司法实践中，对被告侵权的认定采取实质性相同加接触减合法来源”原则。在认定被控侵权技术与涉案技术秘密是否构成相同或实质性相同时，技术事实比较简单的案件，通常经过一般技术比对即可作出认定，但比较复杂的案件，法官无法通过技术比对直接得出结论的，则需动专家咨询或技术鉴定程序加以解决。
三、具体审查被告提出的不侵权抗辩事由是否成立。通常被告提出的不侵权抗辩包括以下几种： 1．被告主张其使用的信息属于公知信息。如果被告提供的证据或鉴定结论能够证明原告要求保护的信息属于公知信息，则被告行为不构成侵权。 2．被告主张其使用的信息系其自行开发或研制获得。如果被告使用的信息的确属于其自行开发或研制，除非被告因管理不善无法提供证据证明，一般情况下能够抗辩成功。但在审判实务中，因大量案件被告确已侵权，因此，鲜见被告抗辩自行开发或研制成功的实例。 3．被告主张其使用的技术信息系通过反向工程获得。反向工程，是指通过术手段对公开渠道取得的产品进行拆卸、测绘、分析而获得该产品的有关技术信息。反向工程抗辩主要适用于技术秘密不侵权抗辩。 《不正当竞争司法解释》第12条规定，以反向工程等方式获得的商业秘密，不认定为反不正当竞争法规定的侵犯商业秘密行为，但“当事人以不正当手段知悉了他人的商业秘密之后，又以反向工程为由主张获取行为合法的，不予支持”。
在反向工程抗辩中，如果被告反向工程抗辩成立，则产生了两个法律效果：一是被告不构成侵权；二是被告如果未将涉案商业秘密公开，那么该商业秘密的秘密性要件并未丧失，原、被告可各自拥有该商业秘密。但反向工程本身须符合法律规定。法律、行政法规对某类客体明确规定禁止反向工程的，被告抗辩不能成立。