一、发表时间点的选择。 对同一主题务必先申请专利，后发表文章。如果论文先发表了，而专利申请日在论文发表日之后，该论文即成为破坏该专利申请新颖性的现有技术（prior art），会对专利审批带来非常不利的影响，一旦专利审查员检索到该发表在前的论文，专利审批通过的可能性就基本为零。专利申请日是界定专利新颖性的时间点，所以论文在期刊上的发表日期务必确保要在该专利申请日之后（在申请日和发表日在同一日的情况，不会破坏专利申请的新颖性）。
二、论文和专利的撰写格式各不相同。 专利申请文件有特定的规范格式，论文材料只能作为申请专利的参考文件，并不能直接递交申请专利。论文同样的内容还需转换为符合专利申请格式的材料才能递交申请专利。具体来说，专利申请文件包括说明书摘要、摘要附图、权利要求书、说明书和说明书附图几大部分。对于不熟悉专利申请文件的人来说，权利要求书是最难理解的部分。权利要求书是专利申请文件的核心部分，它将专利需要保护的技术成果以权利要求（claim）的形式，逐条加以保护，是确定专利保护范围的直接依据。每项权利要求即为要求保护的一项技术方案。所以，这里需要将论文的核心要点高度概括归纳成由多项技术特征组成的技术方案（权利要求）。笔者建议，如果不熟悉专利申请的材料撰写，最好找专业的专利代理机构来完成专利申请撰写的工作。如果专利文件没有撰写好，专利可能不被受理，技术材料被专利局拒之门外，更严重的情况是，专利得不到授权保护，白白浪费公开一项技术。
三、根据单位对专利的认可程度选择是否同时申请专利。相比于单纯的发表论文，在国家鼓励发明创造的大背景下，专利获得授权，受益会非常多。专利授权不仅能帮助晋评职称，国家在专利授权后也会对专利权人给予奖励补贴，同时有的院校单位也会对个人给予奖励。另一方面，授权的专利技术能进行交易转让、实施许可，专利权人也能得到相当不错的实际利益。其实际的回报，是发表论文远远不能比的。