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如何来设计引物

有些分子实验的引物需要自己设计的,那如何设计引物,需要注意什么呢?
方法/步骤
1

引物长度:15-30bp为宜,常用20bp左右

2

引物扩增跨度:以200-500为宜

3

引物碱基:G+C含量以40%-60%为宜,太少扩增效果不佳,过多易出现非特异性条带。ATGC最好随机分布。

4

避免引物内部出现二级结构,避免两条引物间互补,特别是3'端,容易出现引物二聚体,产生非特异性条带

5

引物3'端的碱基,特别是最末及倒数第二个碱基要严格配对,以免末端碱基不配对导致PCR失败

6

引物中加入合适的酶切位点

7

引物的特异性:引物应与核酸序列数据库的其他程序无明显同源性

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