一、在生产时优先选择顺产微生物在两代间的垂直传递从婴儿出生的那一刻就开始了。婴儿在母亲产道中第一次接触微生物，因此顺产的婴儿体内微生物与母体产道微生物种类相似，母体产道的优势菌群乳酸杆菌，恰好是婴儿肠道早期最为重要的产酸菌属，对其肠道菌群的成熟起到至关重要的作用。在此时进行肠道微生物的检测，可以确定顺产宝宝的菌群属性，为肠道菌群培育打下良好基础。对剖宫产宝宝的检测，可以查找缺失菌群，日后调理有迹可循。
二、母乳喂养喂养阶段,母乳又给予婴儿微生态第二重影响,母亲的乳汁里会有专门能够促进优势肠道菌繁衍的营养成分。 母亲通过母乳喂养刺激特定的、有益的菌种生长，帮助宝宝形成良好的免疫系统和代谢系统。 比如，宝宝在婴幼儿期缺乏双歧杆菌，成长后肥胖的概率将会增加，而双歧杆菌是有益菌之一，母乳中的寡聚糖可刺激其生长，而母乳的质量也决定着菌群的活性，所以改善母亲的乳汁是非常重要的一环。可以通过妈妈的肠道菌群检测，制定针对性的母乳调整计划，再利用复检手段，观测调整后宝宝肠道菌群的变化，反复优化调整方案以维持肠道菌群的平衡。
三、科学的辅食添加宝宝在成长到第6个月，可以逐步添加辅食以保证宝宝的营养。随着辅食种类增多，宝宝的肠道菌群也变得相对多样化。但辅食添加切忌过于心急，倘若宝宝肠道发育程度只能处理米糊等简单的碳水化合物，对于蔬菜、水果、肉的对应能力还比较低下，因此需要科学健康的喂养。妈妈和宝宝进食爱幼妈妈提供的食谱，可以让宝宝得到循序渐进的科学喂养，同时改善宝宝肠道微生物。辅食添加一段时间后，可为妈妈和宝宝进行肠道微生物的复检，最终生成微生态对比曲线，直观感受改善程度。
四、规律饮食宿主为肠道菌群提供定植场所和食物来源，因此人的饮食结构会塑造其自身肠道菌群的形态。在成长过程中，肠道微生物与人体的长期磨合形成了自己固定的规律。例如，具有高膳食纤维饮食习惯的人群，其肠道中厚壁菌门的比例则较低，而长期经历高脂肪高蛋白饮食习惯的人群，其肠道中厚壁菌门的菌群含量较多，进而引发肥胖、三高等问题。因此如果起居、饮食不规律，长期下来会导致肠道菌群失调，引发多种疾病。
五、忌用抗生素抗生素的滥用将对肠道菌群直接造成严重破坏，产生不良反应。对于微生态已发育成熟的成年人来说，抗菌药物对肠道菌群的干扰，一般可在2周左右重构。但婴儿的菌群尚未发育成熟，抗菌药物暴露后的恢复，无法像成人那么快。研究表明，生命早期因抗菌药物引入的微生态差异，可以持续影响婴儿6-12月龄的肠道菌群，甚至是导致童年期及成年后发生肥胖、过敏等问题的罪魁祸首。在抗生素的使用问题上，必须遵照医嘱，避免滥用。