（一）利用跳槽人员头脑中的技术的行为比较难认定 人才流动性的不断加强，因跳槽而引发的商业秘密侵权案件增多，侵权方式也更加多变，利用跳槽人员头脑中的技术就是以不正当手段获取商业秘密的行为之一。 那么对跳槽人员头脑中的技术属性如何判断？这是一个比较复杂的问题。现在实践中一般认为，如果属于跳槽人员个人的专有技术则以继续使用而不构成侵权，如果系原单位秘密技术则不论其处于跳槽人员头脑中还是记载于其他有形载体之上，都不影响其作为商业秘的性质，违法披露、使用同样构成商业秘密侵权乃至侵犯商业秘密犯罪行为。但是对于头脑中的技术属于谁？这就涉及证明问题，而对于这一点的证明是比较困难的。
（二）双重侵权行为比较难认定 双重侵权行为认定的难点主要在于对行为人主观心理特征的判断，而行为人的主观心态是难以把握的，司法实践中只能从客观方面来推断行为人主观心态，往往导致司法中出现偏差。 双重侵权行为是指行为人实施了《刑法》第219条第1款第1项的以不正当竞争手段获取商业秘密的行为后，又实施了第2项的行为将以前项手段获得的商业秘密进行了非法披露、使用或允许他人使用的行为。 现实中一般采取如下做法，把这类行为看作是前项行为的延伸，行为人采用不正当竞争手段获取商业秘密的最终目的就在于使用或是披露，此类行为在立法上强调的重点在于行为人对商业秘密的非法使用性，因此当出现此种情况时应采取吸收原则将其认定为非法使用的行为目的。 如果行为人是出于报复泄愤目的而盗窃或采取其他不当手段获取了权利人的商业秘密后将商业秘密丢弃而导致该秘密信被披露或使用的，则不构成本项所言的犯罪行为，仍应按第一项行为定。如果行为人所使用、披露的不是其直接采用非法手段获得的商业秘密，而是从前三项所列的行为人处获得，则构成本条第2款所称的第三人侵权行为，即侵犯商业秘密罪的行为。
上述三种是侵犯商业秘密犯罪行为中较为有争议和容易模糊的地方，在对侵犯商业秘密犯罪行为进行认定时需要深刻理解相关法律法条对商业秘密保护的基本宗旨，才能较好的从本质上把握住对侵犯商业秘密行为的理解。