长期居住在我们体内的肠道微生物，其实并非来自于我们的外部摄入，而是我们的原生微生物。这些微生物在我们出生的时候，就长期陪伴着我们，陪我们从婴儿期到幼儿期，而只有少数微生物，是来自于我们从生活的各个方面摄入人体的。
这些肠道微生物对我们的健康及生存都至关重要，能够帮忙我们训练自己的免疫系统，也不断与我们的神经系统对话，帮忙维持肠道内脆弱的生态平衡。“这些微生物会根据环境演化”，史丹佛大学微生物学及免疫学家贾斯汀·桑内堡（Justin Sonnenburg）说。或许我们也根据微生物而演化。他表示：“我们并不是随机从各处取得微生物，而是会将微生物互相传递给对方，甚至会代代相传。”经过数千年的适应与演化，这些微小的肠道微生物成为我们的最佳盟友。
微生物是我们肠道最好的朋友这些肉眼看不见的肠道微生物，究竟是何方神圣？肠道内的微生物通常主要来自拟杆菌纲及厚壁菌纲，两者合计大约占体内微生物的80%（不过，至少有10种的微生物出现）。
厚壁菌纲包含最常见的乳杆菌属（Lactobacillus）。拟杆菌纲则包含拟杆菌属（Bacteroides）、普雷沃氏菌属（Prevotella）与其他属。另一个常见的纲，尤其是在出生不久后出现，就是放线菌纲（Actinobacteria），双歧杆菌属就属于这个纲（正好是母乳中常见的菌种，是原始益生菌）。这些微生物群并非人类肠道所特有，但其中有些菌种只能生活于人体肠道内，我们的肠道就是它们的地球。
这些族群在肠道内十分活跃。微生物的生命大多十分短暂，因此每天早上起床时，体内的微生物可能已经是全新的一代。有些微生物，像是乳杆菌属的成员，整个生命周期只有短短的25分钟。其他微生物从生到死的时间甚至更短暂。因此，在你昨晚做着美梦时，你肠道内的乳杆菌族群和你睡着时的族群可能已经隔了20代，相当于你和公元1500年间的祖先两者的时间差距。在这些微生物的祖辈间可能发生许多改变，尤其是如果环境变迁，比如酸性提高（偏酸性一点）、接触新食物、缺乏该类微生物偏好的纤维，或是遇上抗生素。
吃发酵类食品可以让肠胃变健康吗？外来微生物大多不会存留太久一般而言，肠道对微生物而言并非友善的地方。我们的消化道原本就被设计成不友善的环境，酸性的胃部有助于将食物分解以便于消化，也会消除我们每天遇到的许多外来生物的杀伤力，包括病毒及细菌等。此外，肠道理想上是个拥挤的微生物大都会区，多数的外来生物都无法融入。那里是个微生物吃微生物的世界，但这种情况对我们有利。只有极少数的微生物（不论有害或无害）能坚持的住消化的过程，并在我们体内繁殖。
不过，还是有些微生物能在这趟艰苦的旅程中存活下来，其中有少数微生物可能致病，像是某些大肠杆菌菌株。大多数的微生物表面上可能无害，而少部分微生物其实有益。然而，不论是好是坏或无害，这些微生物都不会真正停留在我们的肠道里。
也许这篇文章打破了很多读者对益生菌的各种好的想法，但事实是，无论喝多少乳酸菌饮料，都很难重建你的原生肠道菌群，并回归到原始最佳状态的肠道环境。