农民工已成为经济社会中不可或缺的组成部分，对我国经济社会持续协调发展具有重要影响。政府及地方各级有关部门必须立足于改革、发展、稳定的全局，充分认识在建设小康社会和实现现代化进程中对于解决好农民工的医疗保险问题的重大意义，进一步明确地解决农民工问题的战略思路。
一、继续深化医疗保险体系改革，制定农民工医疗保险制度 目前，我国还没有完善地制定出一套统一的农民工医疗保险的政策与法规，各级地方政府应该根据当地的实际情况认真开展调查研究当地农民工实情，包括他们的居住环境、工作条件、日常生活等方面，尽快制定出适合农民工参保的医疗保险制度，与城镇职工基本医疗保险制度同步，农民工的医疗保险管理工作应该由各级劳动保障部门负责，结合城镇职工基本医疗保险制度的实施情况来制定与改善，继续深化医疗保险制度改革的思路，探索和建立医疗保障制度体系，如改革医疗卫生制度与医药供销体制，构建医疗保障的管理服务网络。 可针对农民工的高流动性建立由中央统一管理的农民工社会保障体制，按农民工身份证号码建立具有唯一性的农民工个人“社保卡”账户，“一卡在手，全国通行”，以适应农民工频繁流动、跨地区转移和接续社会保险关系的需要。同时地方政府要坚决贯彻落实国务院关于做好外来务工人员的就业管理和服务工作的通知，加强执法和监管工作，把农民工在城区务工的合作医疗纳入轨道，想农民工之所想，做农民工之实事，真正为人民服务。
三、提高农民工对医疗保险的认识，逐步扩大覆盖范围 农民存在误解，自身的文化水平并不高，保险意识薄弱，况且缴纳保险金会导致其现金收入减少，二来如果向企业要求为其购买保险又怕会失去工作。因此，加大医疗保险政策宣传力度，增强企业经营者的法制意识，提高农民工的维权意识，规范企业的用工行为是当务之急，势在必行。同时，应积极加大宣传，与政府部门加强合作，对农民工进行保险业务讲解，从而对农民工进行保险意识教育，提高他们对社会医疗保险的认识，使他们从走出家乡到走进用人单位，时时刻刻都能感受到保险关怀与相伴，珍惜自己的生命。 此外，建立农民工的医疗保险制度必须做到，一要确保进城务工的农民工都能参加；二要坚持“保大病，保重病”的原则；三要坚持自愿与强制性相结合原则。不分单位性质，不分职工身份，不分户籍，形成或建立劳动关系为参保资格，这样才能够确保农民工这一弱势群体都能进入医疗保险的范围，享受最基本的医疗保险待遇。
四、逐步取消户籍制度及相应的各种歧视农民工的政策与制度 “农民工”这个名词的出现是与中国社会体制的转型紧密联系在一起的，是传统的户籍制度与自由的市场制度相结合的产物。农民工之所以奔波于城市与农村之间，带来一系列的社会问题，户籍制度及附着于其上的各种歧视性政策是根源。只有取消户籍制度，变“二元”为“一元”，逐步实现农民工迁徙自由，才能使一部分工作稳定和有能力的农民工最终在城镇落户，逐步推进城镇化，减少农民数量，消除社会保障领域存在的二元现象，最终解决我国的“三农”问题。不过，一定要根据大中小城市的不同情况，从各地实际情况出发，积极而稳步推进户籍制度改革。
相当一部分农民工认为户籍制度对其就业、子女教育有一定影响，因此，政府必须转变政府职能，加强和改善对农民工的公共服务与社会管理，充分发挥用人单位/企业、社区和中介组织的作用，逐步取缔歧视农民工的各项政策，使他们享受应有的公共服务和权利。