废气中含有污染物种类很多，其物理和化学性质非常复杂，毒性也不尽相同。燃料燃烧排出的废气中含有二氧化硫、氮氧化物（NOx）、碳氢化合物等。
污染源控制
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一、易挥发物料应密闭储存和输送；并宜采用重力或压力方式送料，不宜采用真空抽料。
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二、易挥发物料的储罐呼吸尾气，应采取控制、减少挥发性有机污染物产生的措施。
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三、使用易挥发物料和产生粉尘或恶臭的生产工段，宜采用密闭设备和密闭操作；无法密闭操作的工段宜采用密闭车间。
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五、产生恶臭的固体废物应采用密闭设备贮存。
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六、实验动物房宜密闭，并宜采用负压通风系统。
废气治理
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一、发酵尾气应集中收集并采取措施治理。
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二、有机溶剂废气应采用冷凝、吸附—冷凝等工艺进行回收，不能回收时，可采用燃烧、吸附、吸收、生物膜法等技术处理。
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三、有恶臭气体散发的车间、工段应设置通排风系统，并应集中收集处理。
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四、中药炮制、粉碎、筛分、总混、压片、干燥、包装、包衣等产生粉尘的工段，应进行含尘废气收集和除尘处理。
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五、高风险药物的生产车间应设置独立的空气净化系统，排风应净化处理。
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六、含氯化氢、氨等无机易挥发物料的废气，宜采用碱、酸或水进行吸收处理。
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七、燃煤锅炉烟气应采取除尘、脱硫、脱硝等处理措施。
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八、实验动物房排气应设置除臭设施。
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九、实验室含挥发性有机污染物(VOCs)废气应集中收集处理。
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十、污水厌氧处理产生的沼气应综合利用或焚烧处理；污水处理装置产生臭味的处理设备、构筑物，宜加盖或采取同等措施密闭，并宜收集废气进行脱臭处理。
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十一、固体废物贮存间宜保持良好通风；有臭味产生时，应收集并处理后排放。
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