委托阶段。这是司法鉴定程序开启阶段。委托人应向司法鉴定机构出具司法鉴定委托书，提供自己的身份证明，并提供委托鉴定事项所需的鉴定材料。委托人委托他人代理的，应当要求出具委托书。这里注意，委托人向司法鉴定机构提供的鉴定材料要真实、完整、充分；不得要求或者暗示司法鉴定机构和司法鉴定人按其意图或者特定目的提供鉴定意见。否则，鉴定出的结论会被法庭和其他当事人质疑甚至被重新鉴定。
受理阶段。在这一阶段，司法鉴定机构要对委托的鉴定事项进行审查，审查主要有以下几点：1、是否属于司法鉴定业务范围；2、鉴定事项的用途及鉴定要求是否合法；3、鉴定材料是否真实、完整、充分。对符合上述要求的鉴定委托，予以受理，作出受理的决定并与委托人签订司法鉴定协议书。
鉴定阶段。该阶段中，司法鉴定机构指定或者选择本机构中具有该鉴定事项执业资格的二名司法鉴定人共同进行鉴定，对鉴定过程进行实时记录并签名；对不同的鉴定事项有不同的鉴定方式。
补充鉴定阶段。这个阶段的发生是根据委托人的请求进行的，主要原因是：委托人增加新的鉴定要求的；委托人发现委托的鉴定事项有遗漏的；委托人在鉴定过程中又提供或者补充了新的鉴定材料的；其他需要补充鉴定的情形。补充鉴定是原委托鉴定的组成部分。
重新鉴定阶段。这一阶段的开始主要是三个原因。1、鉴定的程序不合法：原鉴定人不具有从事原委托事项鉴定执业资格的；原鉴定机构超出登记的业务范围组织鉴定的；原鉴定人按规定应当回避没有回避的。2、委托人或者其他诉讼当事人对原鉴定意见有异议，并能提出合法依据和合理理由的；3、法律规定或者人民法院认为需要重新鉴定的其他情形。接受重新鉴定委托的司法鉴定机构的资质条件，一般应当高于原委托的司法鉴定机构。
复核鉴定阶段。这一阶段是鉴定机构自我审查环节。委托的鉴定事项完成后，司法鉴定机构指定专人对该项鉴定的实施是否符合规定的程序、是否采用符合规定的技术标准和技术规范等情况进行复核，发现有规定情形的，司法鉴定机构予以纠正。
出具司法鉴定文书阶段。鉴定机构和鉴定人在完成委托的鉴定事项后，向委托人出具司法鉴定文书。注意几点：1、文书包括司法鉴定意见书和司法鉴定检验报告书；2、文书由司法鉴定人签名或者盖章；3、多人参加司法鉴定，对鉴定意见有不同意见的，应当注明；4、文书应当加盖司法鉴定机构的司法鉴定专用章。
鉴定人员出庭作证。这个阶段其实与诉讼阶段连接了。我国民诉法规定,当事人对鉴定意见有异议或者人民法院认为鉴定人有必要出庭的，鉴定人应当出庭作证。如果经人民法院通知，鉴定人拒不出庭作证的，鉴定意见不得作为认定事实的根据；支付鉴定费用的当事人可以要求返还鉴定费用。因此这个阶段也非常重要。