首发场景是小田卷的研究所，主角和女主都陷入了不明原因的沉睡阿克罗玛说要用奇怪的装置引导主角清醒过来漆黑创世传说，包含了一二三周目地区的预告然后是主角的梦境里，选择最上方的红色大门，其他两个进不去回到了卡车内，这是主角来到芳缘的第一天下车，妈妈来打招呼，然后是上楼，调时间调好后妈妈会过来对话，可以从电脑里拿出一个伤药依然看不到爸爸的镜头，妈妈说要你去找小田卷博士博士不在家，先去拜访一下邻居（未白镇平面地图）
去二楼调戏下小遥，就出门吧向上走，发现小田卷博士再次被追了（为什么说再次呢= =）选初始精灵吧（小夜选了傲娇蛇）初始精灵：暖暖猪，技能：撞击+叫声球海獭，技能：撞击+摇尾巴藤叶蛇，技能：撞击+瞪眼对方是Lv.2蛇纹熊，轻松搞定回到研究所里，从博士那里拿到精灵后答应去找小遥向上穿过101号道路（101号路平面地图）来到古辰镇（古辰镇地图）在店员那里拿到一个伤药
继续向上，在幻影之森找到索罗亚变成的小遥被识破后进入战斗，Lv.5索罗亚战斗胜利后得到Lv.5索罗亚小遥表示要跟主角在103号道路比试（103号路平面地图）在下方路口找到小遥，对话进入战斗，小遥精灵：Lv.5火雉鸡胜利后得到小遥的半个爱心球（定情信物吧~）原路回到研究所，得到精灵图鉴和精灵球*5出门妈妈给了风速鞋，按B键，模拟器X键可以跑步出门向上走，在未白镇上方草地可捕捉草系御三家古辰镇上方是水系御三家古辰镇左边是火系御三家在102号道路（102号道路平面地图）打败几个训练师，在路口被叫住了，竟然是火箭队
火箭队的目标当然是主角手上的精灵了，进入战斗火箭队精灵：Lv.5喵喵胜利后火箭队跑掉了，而此时在研究所内，阿克罗玛发觉有些不对劲继续向左，来到橙华市（橙华市地图）先去道观看看吧与爸爸对话后，与小光一起去抓精灵，此后略去无数字与亚希达相遇（之后就不提这时不时出现的酱油君了）继续向左上，来到橙华森林（橙华森林地图）老地方又跟大叔见面了水舰队参上，进入战斗，对方为：Lv.9土狼犬胜利后得到超级球走出森林来到104号道路（104号道路地图）在花店里得到吼吼鲸喷壶和甜桃到达卡那兹市（卡那兹市及道馆地图）这里拿到HM01居合斩在训练师学校得到先制之爪第一个道馆为岩石系（卡那兹市及道馆地图）
馆主精灵：Lv.15大岩蛇 Lv.15钢磁鼻 Lv.18由基拉胜利后得到岩石徽章和TM39岩石封出门发现水舰队抢走了大叔的包裹，帮忙找回来沿着116号道路向右走（116号道路地图）在洞口看到哈奇老人，得知老人的精灵被抢走了进洞，找到水舰队的小兵，上前对话进入战斗水舰队小兵精灵：Lv.11土狼犬胜利后得到得文行李箱，并归还哈奇老人精灵将包裹还给大叔，得到超级球，并去见社长从社长那里拿到了大吾的信和口袋领航员出门后有个研究员追上来加了对战寻呼功能，然后给社长打个电话向下走在卡那兹市出口看见小遥，登陆电话后进行对战小遥精灵：Lv.13莲叶童子 Lv.15火雉鸡橙华森林砍掉小树，这里得到奇迹种子（橙华森林地图）在海边的小屋找到哈奇坐船去武斗镇（武斗镇及道馆地图）房子里得到盘丝头巾钓鱼达人给了低级钓竿第二个道馆为格斗系，附地图一张馆主精灵：Lv.18腕力 Lv.18里奥鲁 Lv.21幕下力士胜利后得到拳击徽章和TM08体格强化向上来到石之洞窟，洞口的山男给了HM05闪光（石之洞窟地图）（106号道路地图）洞里居然有不少火箭队的小兵，二层的洞口在这里二层最上方洞口进去可捡到神奇糖果和不变石这里得到第二块不变石在洞窟最深处看到奇怪人物，上前对话并进入战斗火箭队干部精灵：Lv.15超音蝠 Lv.16瓦斯弹胜利后洞里的火箭队消失了，进洞发现大吾与一个人在对峙那人自称阿波罗，是火箭队里头领人物上前交出信吧得到了里奥鲁的蛋，陨石碎片黄插入一段现实的情况，火箭队是不应该寻在过去的记忆中的回
到记忆中，先坐船回到橙华市，在社长那领学习装置（橙华市地图）坐船去凯那市，在大海之家打败三个训练师可以得到苏打水*6（凯那市及道馆地图）原始之力的定点教学房子里看亲密的精灵可得到安闲铃虚张声势的定点教学去造船厂这个npc对话激活后续剧情来到博物馆，买50元门票进去，门口的水舰队小兵给了TM46到二楼找到船长，水舰队的人再次来抢夺，战斗水舰队小兵精灵：Lv.15利牙鱼 Lv.14超音蝠 Lv.14利牙鱼胜利后见到了水舰队boss水梧桐临走前去商店买一个港口信纸路口右转向上，遇见小遥，对战（110号路地图）小遥精灵：Lv.18长翅鸥 Lv.20力壮鸡 Lv.18莲帽小童胜利后得到道具探测仪向上走到达紫堇市，房子里得到HM06碎岩（紫堇市地图）这里用港口信纸交换硬币盒自行车店领一辆自行车查看努力值的NPC游戏中心得到木守宫玩偶道馆门口跟小光对战，对方精灵：Lv.16拉鲁拉丝胜利后小光回到绿荫镇挑战道馆去吧，电系馆主精灵：Lv.21雷电球 Lv.21皮卡丘 Lv.23自爆磁怪 Lv.24雷精灵胜利后得到电力徽章、TM34电击波紫堇市右边隐藏道具心灵鳞片117号道路的培育屋，可生蛋（117号路地图）继续向左到达绿荫镇，PC里定点学习连续切（绿荫镇地图）这里查看精灵亲密度进入最上方的隧道，用碎岩打碎挡路的岩石，得到HM04怪力穿过隧道，在洞口的大叔那里得到重复球回到紫堇市向上走111号道路，在连胜之家战胜四个人得到竞争背心（111号路地图）继续向上走，沙漠进不去，左转112号道路（112号路地图）缆车被火岩团的人封锁了，进入热焰小径（热焰小径地图）走出热焰小径，这里得到TM43秘密力量这里可以恢复体力（111号路地图）向左来到113号道路，房子里拿到冰结晶收集袋，可以制作玻璃（113号路地图）在洞口看到米可利，上前对话后进入寒冰小径（寒冰小径地图）火箭队挡在半路，对话进入战斗，开场白换了哟火箭队精灵：Lv.20阿柏蛇 Lv.20瓦斯弹 Lv.22喵喵胜利后火箭队跑掉，出洞来到苍白之森（苍白之森地图）再次遇到米可利，不过这次是火箭队乔装的，进入战斗拉姆达精灵：Lv.24拉达 Lv.24大嘴蝠 Lv.26百变怪胜利后继续向前，在最深处看到米可利和雅典娜雅典娜走后上前给米可利看到陨石碎片?黄，米可利便将陨石碎片?蓝也交给了主角转回现实的事不多加论述了，继续游戏旅程这只是一条线而已= =，继续向左走来到冬雪镇（冬雪镇地图）商店里有摇手指的定点教学这里可以用心灵鳞片回忆技能向左走，房子里得到TM28挖洞（114号路地图）这里得到TM05吼叫114号道路的房子里得到炎帝玩偶来到流星瀑布，得知火岩队要在烟突山搞什么阴谋回到112号道路的缆车这里，对话去烟突山（112号路地图）打败火岩队的小兵后与boss对话阻止他的计划，进入战斗火岩队boss赤焰松精灵：Lv.24大狼犬 Lv.25喷火驼 Lv.24超音蝠胜利后从装置上取下陨石碎片?赤离开的时候遇上了大吾，将碎片全部交给了他拿去绿岭市研究意外凸显，大吾竟然是拉姆达扮装的，而此时植入主角记忆的己方人格代码终于出现了对方自称库鲁玛，并帮助主角拿回了碎片另一边的现实中，阿克罗玛也在分析火箭队出现的原因来到釜炎镇，这里得到小果然的蛋（釜炎镇及道馆地图）这里是模仿的定点教学中药店里得到木炭第四个道馆为火系，附地图及走法如下火系馆主精灵：Lv.24戴鲁比 Lv.26呆火驼 Lv.24鸭嘴炎龙 Lv.31煤炭龟胜利后得到火焰徽章和TM50焚烧殆尽出门小遥给了go-go护眼罩，沙漠可以进去了回到热焰小径之前被石头挡住的地方，用怪力推开石头（热焰小径地图）走上方的洞口，在尽头捕捉Lv.40炎帝（小夜为通关效率修改了大师球求谅解QAQ）下方捡到火焰石回到寒冰小径，用怪力推开这里的石头（寒冰小径地图）尽头捕捉Lv.40急冻鸟然后去沙漠幻影塔，记得换上风马自行车（幻影塔地图走法）只需要冲过第二层的断层即可，大大降低了难度，在塔顶捡到化石，二选一，另一块二周目可拿从绿荫镇的隧道来到卡那兹市，二楼复活化石（绿卡隧道地图）身上留个空位，再去找研究员即可卡那兹市向下走回到橙华市，去挑战爸爸的道馆（橙华市及道馆地图）道馆做了简化，只有两名训练师及馆主普通系道馆，馆主精灵：Lv.29卡比兽 Lv.29吉利蛋 Lv.31袋龙 Lv.33请假王胜利后得到天秤徽章和TM42假勇敢小光的父亲给了HM03冲浪先回家一趟，拿到护身金币（未白镇地图）