1、霉变导致的致癌危险 很多坚果容易受到霉菌的侵染，对人的健康危害风险最高的是黄曲霉引发的霉变。黄曲霉毒素是黄曲霉菌的代谢产物，最重要和毒性最大的是黄曲霉毒素Bl，其半数致死量仅为0、36毫克/公斤体重，属特剧毒的毒物范围。它的毒性比氰化钾大10倍，比砒霜大68倍。黄曲霉毒素引发的急性中毒，主要是损害肝脏，诱导发生肝炎、肝硬变、肝坏死等。临床表现有胃部不适、食欲减退、恶心、呕吐、腹胀及肝区触痛等;严重者出现水肿、昏迷，以至抽搐而死。黄曲霉毒素是目前发现的最强的致癌物质。
2、油脂酸败导致的健康危害 很多坚果都含有较多的不饱和脂肪酸，这类成分一方面具有特殊的营养价值，同时也容易发生氧化酸败的问题。这种变质很容易辨别，一般人都能通过细闻或是品尝发现果仁酸败(变哈)的现象，从而能够正确选择食用、避免危害。
3、滥用化学处理防变质 熟制的坚果果仁在贮存过程中容易发生脂肪酸的酸败问题，而使产品失去商品价值。因此，厂家一般都要采取一些措施控制坚果的酸败变质问题。化学抗氧化剂的应用十分普遍，违规违法使用这类化学添加物的行为时有发生，这对消费者的健康构成潜在的危害。
4、滥用调味美容制剂 监管机构发现，一些瓜子生产者在生产中有滥用工业色素、工业石蜡的行为。很多非食用色素具有很强的致癌性。工业用石蜡也常常含有致癌性的杂质成分。有的坚果生长在高温高湿的环境下，容易出现霉菌侵染问题或是其它因素导致的外观品质不佳的问题。一些加工者往往会使用漂白剂，如二氧化硫类的化学品，对坚果进行美容处理、消除杂色斑迹。这往往也会导致果仁含有过多的有害化学物质的残留。特别是开心果类的裂果类坚果，果仁中更容易蓄积有害处理药剂。这些美容化学品对人体健康具有很大的危害性。
5、过敏性危害 各种坚果都有独特的、令人喜爱的风味，一般也都含有一些特殊的蛋白。并非人人都能适应这些蛋白。一些敏感体质的人对稀有的蛋白比较敏感，容易出现过敏反应。目前对花生过敏机理研究的较多，而对其它坚果的致敏成分了解较少。另外，散装坚果仁在存放过程中，容易滋生肉眼无法辨别的螨虫，吸入和食入这些螨虫会使一些人发生强烈的过敏反应。