首先将GW系统升级至2.6（这是为了方便安装CIA文件，只要你能够在3DS上安装上SAVADATAFILER可以无视这一步）在3DS上安装SAVEDATAFILER（具体操作见CIA格式如何安装的教程）以上准备完成后进入实机操作。
实际操作：打开3ds，进入GW的虚拟系统模式。按SELECT打开游戏选择界面，点击你要打开的口袋妖怪游戏（X或Y）。切记，此时不要打开游戏，只需要上屏幕出现3D图标即可。打开SAVEDATAFILER。选择下屏幕的USER窗口（最左边的那个），按Y导出存档。.在3DS上的操作完成。转电脑上进行修改存档。
电脑端操作：把sd卡插入电脑(这是前提，因为存档在sd卡上)打开pkhex软件。在窗口左上角，选择file选项，随后点击open，打开在sd卡上的存档。默认路径是:/filer/usersavedata/2014xxxxxxxx/0000055e。在这个文件夹中有一个main文件，无格式。打开了存档后的界面如下。
首先是大家比较关心的凭空创造一个精灵：在左边的SPECIES中选择你要创建的宠物的名称，（性格，等级，道具，特征等等可以待会儿调，也可以先调好），在右边的空格子内右键SET，就可以创建一个新的宠物（如果不是在空格子内右键SET，则会把原先的宠物替换成你要创造出来的宠物）。
接下来是调整性格，等级，道具，特征：在左边，性格调整在NATURE选项中；等级在LEVEL选项中；特征在ABILITY选项中；道具在HELD ITEM选项中。接下来是调整宠物的参数，其中MET是指你在哪里与这宠物相遇（这里就不介绍了，记住如果有前代定点就不要选择出生在XY，另外精灵球不要修改违法了）主要介绍的是个体值，努力值，及配招。首先是个体值与努力值，要进入STATS中调整（如图下）：看一下就知道怎么调了吧。
接下来是配招，在ATTACKS中调整（如图下）：左边的RELEARN MOVES指的是回忆技能。配招不要非法配就行。其他的操作大家可以自己尝试，什么图鉴啊，连胜纪录啊，都可以调整。之后是比较关键的一步（如何保存修改）：切记不要在左上方的FILE选项中选择另存为，要在右边窗口的SAV选项中进行保存。保存出来也是MAIN文件。将这个文件与SD卡上的MAIN文件替换一下就行。