用R包genetics做hardy weinberg检测,自由度为1,显著性水平P小于0.01时,不满足hardy weinberg平衡。
工具/原料
1
电脑
2
R
方法/步骤
1
打开R,安装genetics包。依次输入下列内容install('genetics')library(genetics)
2
输入数据,比如一对等位基因为A和G,在case组中基因型为AA、AG和GG的人数分别为100,50和20个。mydata <- c(rep('A/A',100),rep('A/G',50),rep('G/G',20))
3
输入以下命令,进行hardy weinberg检测g1 <- genotype(mydata)HWE.chisq(g1)
注意事项
参考文献:Vitamin D-related genetic variants, interactions with vitamin D exposure, and breast cancer risk among Caucasian women in Ontario. PMID: 21693626
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