一、系谱选择法. 根据血系内所表现的品质特征选择种獒，如果祖辈非常优良，其后代一定也会表现出良好的品质特征。这种选择方法的成败取决于双亲的基因型，尤其是母代、祖父代，至少要了解三代以内的血系情况，如果缺乏祖辈的鉴定资料，结果是很难预料的。同一亲本的后代，其基因型比较相似，若这些“兄弟姐妹”的表现型都是好的，所选的个体就是比较可靠的。举例来说，若血系A与血系B结合得出的后代非常优秀，那么这个选配就是成功的，若血系C与血系D结合得出的后代很一般，那么这个选配就不算成功，最好是更换其他血系。
二、基因型选择法. 这是一种根据基因进行选种的方法。藏獒所表现的性状有质量性状与数量性状两大类，前者的基因型比较简单，只要搞清楚等位基因间的关系（等位基因位于一对同源染色体的相同位置上，且控制着相对性状的显隐性关系及遗传效应）就可根据所需要的表现型进行选种；而后者的基因型比较复杂，通常要利用遗传学的原理和方法，根据其本身或亲属的表型值，即基因的加性效应值进行选择。
三、表现型选择法. 从理论上讲，根据基因型选择能收到最好的效果，但基因型往往难以确定，更无法度量，所以只有通过表现型来予以估计。表现型选择虽然效果差一些，但它可以缩短世代间隔，单位时间内的遗传发展也可能较大，特别是对于遗传力高的性状表现型选择效果较好。表现型选择一般是根据藏獒本身某一性状或若干性状的优劣来确定留种或淘汰，要求种獒必须无缺陷，符合品种特征，并达到规定的数量指标，凡达不到品种标准的一律不能作为种用。性状遗传力越高，说明个体选择的准确性越高。
四、淘汰选择法. 这是一种通过淘汰不符合标准的种獒来确定种用藏獒的方法，具体方式有以下三种： 1、独立淘汰. 在同一时期内确定若干个性状，每一个性状都分别规定其标准，种獒中任何一个性状达不到标准即予以淘汰。独立淘汰法可以使整个种群的性状趋于整齐化，但选留下来的个体在综合性状方面大都表现比较平庸，这也是因为淘汰过程中筛除了许多有利基因，限制了种群的变异，抑制了后代的改进幅度。 2、综合淘汰. 根据各个独立性状的经济价值和遗传力，分别给以不同的评分系数，根据个体总分的高低来确定选留，进行淘汰。这种方法有可能留下了藏獒某一方面的突出优点，但也可能留下其他方面有突出缺点的个体，不过由于各方面的有利基因都得到了保留，通过交配使有利基因结合在一起，使总的选择进展得到了提速。 3、顺序淘汰. 在单位时间内只确定一个突出缺点进行淘汰，当这一缺点得到改进后，再确定另一个缺点依次淘汰。这种方法比较适合做长期的多代繁育，若想一代就确定其遗传性状则不太适合。
五、鉴定选择法. 我们选种獒的目的就是为了获得更优良的后代，所以根据后代的表现来确定种獒的价值也是一种比较现实的方法。如果亲本和后代表现型都是比较好的，那么选择的这个种獒就比较可靠。通过后代来选择种獒的方法需要耗费较长的时间，因为这需要对被选择的种獒的后代做长期的观察和评测，所以这种方法大多用于选择公獒。 1、后裔测定. 通过观察种獒后裔的品质来确定其遗传性能和能力，并判断选择的种獒是否将其优良特征遗传给下一代。这种方法也是对种獒的最终鉴定，如果后代表现型等于双亲或超过双亲，该种獒就可继续留作种用，否则将被淘汰。 2、母女对比. 通过评判种公獒之女的平均性状水平与其母亲（种公獒的配偶）的平均性状水平的差异可以鉴定出种公獒的优劣。凡女儿的平均性状水平超过母亲的，该种公獒是“改良者”；女儿平均性状水平低于母亲的，该种公獒是“恶化者”；母女平均性状水平差异不大，该种公獒是“中庸者”。这种方法最好在母女年龄、体况相差不大时使用，以免因外界环境和个体间的差异而影响鉴定结果。
以上就是甄选最佳种獒的各种方法，加以综合利用，必能选择出最佳的种獒。