最常使用的净水处理系统是过滤系统。
用作物理过滤的滤材，通常也是我们所熟悉的滤材，例如，滤绵或滤布。
过滤前的准备 饲养在水族缸的鱼类，直接将其排泄物排放于缸水中，使鱼类必须经常生活在自己的代谢废物之中，如果没有一套相当有效率的净水处理系统，将难以长久维持鱼类的健康，这是每位养殖者都应该有的基本共识。 最常使用的净水处理系统是过滤系统。它是利用扬水泵（俗称马达）的动力，将污水引入一个过滤器中，藉由过滤器预先布置好的滤材，将污水给予净化的处理过程。此种处理过程不仅可以减少局部换水的频度，而且较能长久确保鱼类的健康。 在过滤系统中，我们可以使用三种不同的操作方法来进行，它们分别是：物理过滤法、生物过滤法，及化学过滤法。这三种过滤法，在柯老师的口述中有简单明确的论述，兹特别整理如下。
物理过滤法主要用于截获固体悬浮物 物理过滤法又称机械过滤法，为大家所最熟悉的过滤法。它的操作原理，是利用具有微小孔隙结构的滤材，用以截留循环水中的固体悬浮物，使水质能逐渐恢复澄清的方法。它在一般水族缸中的应用最为广泛。 本法以除去固体悬浮物为主，对于溶解性的污染物质，尤其是对于那些溶解性有毒物质的去除，似乎显得毫无效率可言，因为这类污染源无法被它的孔隙所截留。不过，有许多溶解性的污染物质，都是来自固体污染物质分解后所衍生而来，因此，若能有效除去大部分的固体污染物质，一定会降低溶解性的污染物质的浓度。 用作物理过滤的滤材，通常也是我们所熟悉的滤材，例如，滤绵或滤布。依据滤材本身的筛孔结构，以及滤材堆积的厚度，我们可以将棵粒比筛孔大的固体悬浮物截获于滤材中，所以滤材使用日久，就很容易藏污纳垢，必须换洗才能继续使用。
物理过滤通常也兼有生物过滤之功能 生物过滤法是一种利用微生物清除有形及无形污染的方法。这种方法的特征，是滤材本身完全不具备生物过滤的功能，而是藉由生长在滤材表面的微生物来担任这工作。很多人迄今不了解生物过滤的作用原理，所以无法有效利用这种方法将水质净化。 举例来说，鱼排泄物除了可利用物理过滤除去外，也可以经由腐生细菌分解作用而除去。鱼排泄物中仍残留许多腐生细菌赖以为生的「食物」，这些细菌靠摄取鱼排泄物维生及繁衍，结果鱼排泄物被减量或被消费掉了，而腐生细菌的数量却大为增加，这种分解作用就是典型的生物过滤法之运作方式。 已知腐生细菌主要栖息于鱼排泄物之堆积表面上进行腐生分解作用，而物理过滤滤材又是鱼排泄物主要堆积之处（或谓有机物堆积之处），所以这类分解作用几乎都发生于物理过滤之作用阶段，由此看来，物理过滤也兼有生物过滤之功能应该是无庸置疑的。
生物过滤法的目的在于消除氨 鱼的有形排泄物（如粪便）不具有毒性，但是它的分解产物（氨）却是鱼类的剧毒物，因此具有相当大的威胁性。虽然氨是一种气体，但是在水中具有易溶特性，所以氨很容易在水体中被累积，而构成鱼类健康最大的潜在威胁。 生物过滤法的目的在于消除氨，因为溶解于水中的氨完全无法被物理滤材截留除去，只能靠硝化细菌来担任消除的工作。由于物理滤材中充斥许多有机废物，它会抑制硝化细菌的生长及繁衍，所以硝化细菌很难生存其中，进而发挥除氨功能。 生物滤材可以提供硝化细菌最合适的生长及繁衍环境！刚从物理过滤流出的循环水，含氨的浓度指数最高，绝对是硝化细菌截获氨源的好地方。硝化细菌靠氧化氨以获得化学能维生，故硝化细菌最喜欢生长在生物滤材表面上。如果能提供多表面积的生物滤材，如生化球、陶瓷环..等等，让硝化细菌有「落脚」之处，它就能「定居」下来，并且逐渐繁殖出大量的子代，形成一个强大的族群，可为氨的消除构成最自然的动力来源。生物滤材通常可以永久使用，不必换洗或换新。
化学过滤法仅具有特殊使用目的 化学过滤法主要的作用，在消除水体中特殊的化学物质，这些化学物质通常为溶解性，无法被物理滤材除去，同时多属于无害毒物，不过却可能影响水的色度、硬度，或有机污染指数等。 本法所用之滤材，主要是活性碳或离子交换树脂。这类滤材因具有强大的表面吸附能力（活性碳），或离子交换能力（离子交换树脂），所以能「选择性」地消除或减少某些化学物质的存在，而达到改善水质的特殊目的。 化学过滤法在「正常的」水族缸中，似乎没有使用的必要，通常只有在某些情况之下，为了特殊的净化目的，才会使用得到。例如，水色因水体中色度（通常为有机物色素形成）浓度过度累积而偏黄可能影响观瞻，可以采用化学过滤法改善。化学滤材会有失效问题，所以必须要适时更换或再生，才能达到预期效果。