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如何利用pubmed blast引物,验证引物的准确性?

我们获得的引物除了一部分来自于软件设计得到的,还有绝大部分是通过查阅文献,选取文献中的引物进行合成得到的。但是鉴于目前的文献水平参差不齐,有些文献里的引物有可能存在造假或者特异性很差的情况发生,如何验证文献里的引物准确性和合适度呢,现在跟我一块学习用pubmed验证吧。
工具/原料
1

pubmed

2

文献中获得的引物

方法/步骤
2

第二:Use my own forward primer (5'->3' on plus strand)在这一栏的空白处输入你获得引物的前导链,(比如我在文献中获得引物MD-2,rattus,ATCTGCAACTCCTCCGATGC),在Use my own reverse primer (5'->3' on minus strand)在这一栏相对应的输入后随链(比如:GCACAAATCCATTGGTTCCCT)。然后将Organism那个部位的人源性改成大鼠源性即改为Rattus(根据你获得的引物的种属来看,如果你的种属是人源性就不需要改)

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第三:完成步骤二后点击页面左下方的get primers,进入新页面。得到引物验证的结果。出现该引物的特性,转录特异性,长度和引物温度之类的所有相关指标。例子中的结果表明该条引物特异性并不是很好,有两条转录变异本。建议换一条。

注意事项

记得在organsim改成相对应的你取的引物的种属特性。

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