蛋白结构主要是用X射线衍射的方法确定的，精确度取决于分辨率。但是受限于技术水平，这种方法耗时久，所以大部分蛋白都没能获得衍射结构。但是在我们的研究过程中，通常都需要蛋白三维结构，在这种情况下，科学家发明了各种电脑软件来预测蛋白三维结构。Discovery Studio 功能强大，它的modeller模块可以做蛋白分子模建。
工具/原料
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电脑，台式，笔记本均可
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Discovery Studio2.5软件
方法/步骤
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首先，确保电脑上已经成功安装Discovery Studio2.5软件（下面简称DS2.5），我有一篇经验写怎么安装DS。DS界面如下，主要是用左侧第三栏的protocol协议
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首先，打开待模建的序列，DS对文本格式要求较高，fasta文件要求首行>蛋白名，下面另起一行是蛋白序列，如下图
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打开待测序列文件，如下图
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接下来，先做序列比对，搜索待测序列的模版，使用protocol的sequence analysis模块的blast search（DS sever），在下方打开功能模块，选项默认即可，点击窗口上方的绿色三角号，running！在左下方打开完成的job，列在最上方的模版是最佳模版，右键下载结构
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在正式模拟前，需要将模版与模建序列比对，也是使用protocol的sequence analysis模块，点击align multiple sequences，type选项选择比对profiles，点击蓝箭头，running！比对结果，如下
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模拟，使用protein modeling模块的build homology models，输入第五步的序列比对结果，选择模版和模建序列，点击蓝箭头，running！模建结果如下，根据dope score值选择最佳模建结果，一般值越小，结果越好。
注意事项
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这只是一个初级入门方法，侧链什么都没涉及，科学无止境，我也有很多不懂，大家共勉
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祝大家都能做出好的结果，点赞呦