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如何使用序列比对软件mega 6

Mega 6是一款非常优秀的序列比对软件,在生物信息学分析方面有着广泛的用途和极大的便捷性,在这里给大家简单分享一下这个软件一些常用的功能。
工具/原料

Mega 6 软件

功能1:序列编辑
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首先,要讲一条使用mega打开序列文件的技巧:直接将要分析的文件拖到mega软件的图标上,然后就是下面这个界面了。

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在第一列选中序列名称,就可以对序列名称进行编辑,剪切和删除的修改。

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此外,点击Species/Abbrv,可以对序列按名称顺序进行排列,非常方便。

功能2:序列比对
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点击顶部功能栏的Alignment,一般选择下面的第一个,cluster w,也可以直接选择顶部一个大写 W 的快捷键,进行序列比对。

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接下来,软件会提示,没有序列被选中,是否选择所有序列,点击ok选择所有序列进行比对。

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接下来,会弹出一个参数设置的界面,我们一般不做修改,直接点击ok,进行下一步。

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之后,会出现下面这个界面,显示序列比对的进度。

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序列比对完成以后,我们可以通鼠标过拖动序列顶部来选中不同的列,进行删除,以达到截齐比对结果两端的目的(非必需步骤),大致就是这样。关于构建进化树的功能将在后面讲到。

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