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SWI-Prolog
盒子模型把一个谓词想象为一个盒子，Prolog解释程序的控制流通过这个盒子。如图所示，盒子的四个角上稳中有降有四个进、出端口，这些端口的含义分别是：CALL：Prolog为满足某个目标进入盒子时扬经过的端口；EXIT：Prolog在目标得到满足（即匹配成功）后离开盒子时所经过的端口；FAIL：Prolog在目标未能满足（即匹配失败）时退出盒子所经过的端口；REDO：Prolog为了再次满足某个目标进行回溯时，重新进入盒子的端口。
下面我们通过一个简单的实例来说明。Prolog谓词fish(X)匹配成功时，变量X例示为一种鱼。这里鱼被定义为一种体表有鳞片且无脊椎的动物。示例中，“tuna”为金枪鱼，“snake”为蛇，蛇属于爬行动物，是脊椎动物，因此蛇不会被匹配。
如果我们提出询问-? fish(X).程序执行所经过的路线如图所示。从图中可以看到，所要萍踪的总体目标fish(X)用最大的，即最外面的盒子A表示，子目标covered(X, scales)和invertebrate(X)分别用里面的两个盒子表示（盒子B和盒子C）。
初始询问导致对目标fish(X)的调用。这将控制进入盒子A的CALL端口，该CALL端口与B盒子的CALL端口直接相连。例如，进入盒子B且目标成功，变量X例示可能“snake”，但是盒子C无法与之匹配，因此控制流从盒子C的FAIL端口退出，进入盒子B的REDO端口，此时Prolog回溯，试图找到另一种长有鳞片的对象。X再次被例示为“tuna”，依次完成盒子B、C的匹配，最终从盒子A的EXIT端口退出，这时目标得到满足，Prolog给出答案：X= tuna.
载入程序文件后，为了实现调试功能，应当在运行程序前，在提示符“?-”后键入命令：trace.在某些版本的Prolog中，调试采用spy命令。调试程序对每个调用都在括号中给出一个数字。该数字表示调用的“深度”，即初始目标调用期间所做的目标调用次数。还需注意的是，变量用下划线和紧接其后的数字表示。在调试方面，感觉SWI-Prolog隐藏了一些东西，不如GNU Prolog直观。图中“?”后的信息为用户键入的，其他为显示信息，在得出第一个答案后，要按“;”搜索另一个答案，其他按回车或“c”就可以继续。
在追踪程序时有几个不同的选择项，这些选择可以得到附加信息，或对程序执行实施进一步控制。每当到达盒子模型的某一端口后，调试程序给出提示符“?”。在提示符“?”后面键入一个字符便可以激活这些选项。常用的选择项如下：回车/c：继续; ：回溯。转到当前目标的REDO端口；f ：失败。转到当前目标的FAIL端口；r ：重复。从EXIT端口转至该目标的CALL端口；s ：跳。在目标的CALL端口告诉调试程序路过所有的提示符，直到该目标的EXIT或FAIL端口；L ：显示当前谓词的全部子句；a ：中止。返回Prolog环境；e ：退出Prolog系统，它将放弃已做的全部工作；h ：帮助。显示命令选项。
编程时除了要避免语法错误，更应该避免逻辑错误。
相对于其他编程语言来说，调试大型Prolog程序显然是更加困难的。