选案环节。选案人员通过计算机选案、举报案件、上级交办案件、其他来源等方式确立检查范围和对象。每年下半年确立第二年的检查计划，并报上级机关备案备查。选案人员选好检查对象后，分配给对应的检查部门和人员，并制定《检查任务分解书》和《立案审批书》下法给检查部门。对于举报案件，选案人员应为举报人保密，并及时将检查情况反馈给举报人。
检查环节。检查人员向纳税人出示检查通知书和检查证，调取纳税人的相关账簿凭证资料，实地调查纳税人的经营场所，对相关业务人员做询问笔录。对一些检查中的疑问，会到相关单位进行调查，例如调取纳税人及相关人员的银行账号资金往来信息。检查工作完成后，检查人员将发现问题以签证的形式下发纳税人，纳税人提出反馈意见后，检查人员形成稽查报告，随同相关证据材料组成案卷提交到审理环节。
审理环节。审理人员对检查环节提交的案件进行审核。核实案件的违法事实是准确、证据是否确凿、适用法律法规是否正确、程序是否到位、检查人员是否有超越权限行为、当事人是否有请客送礼等不正当行为。完成审核后，如无退回补充检查和重新检查现象，制作《税务处理通知书》送达纳税人，如果涉及处罚，还应制作《税务行政处罚通知书》。处罚金额超过一定范围，应通知纳税人有申请听证的权力。纳税人接到通知书后，权利除斥期间过后，审理环节下达《税务处理决定书》（可能还含《税务行政处罚决定书》）。同时，向执行接环移送待执行文书。
执行环节。执行人员督促纳税人履行《税务处理决定书》（可能含《税务行政处罚决定书》）文书中载明的义务。如果纳税人超期不履行，又未申请纳税担保，执行人员可以经所属市税务局局长批准采取税收保全或税收强制措施。在采取税收强制措施中，一定要有两名执行人员，严格遵守程序。执行完后，制定执行报告。执行的流程如下：
税务稽查四个环节形成的案卷要整理归档。涉及行政处罚案件保管期限是30年，涉及刑事案件的期限是永久，其他的一般案件是10年。