中医用阴阳学说来说明医学上的基本问题，从而成为中医理论的思想体系，它贯串在中医学中的生理、病理、诊断、治疗和药物等各个方面，构成了一整套合乎客观实际的医疗方法，灵活地指导着中医的临床实践。
在生理方面：中医认为人体的生理也能用阴阳学说来加以解释。一般的说，阳的性质属于动，阴的性质属于静；阳有保卫体表的能力，阴有保守内部精气的作用。故在生理上，以阳代表体表皮毛、肌肉、筋骨等，以阴代表体内脏腑；并以五脏主藏精气为阴，六腑主司消化传导为阳。又从位置上分：上焦为阳，下焦为阴；外侧为阳，内侧为阴。从物质和功能上分：血为阴，气为阳；体为阴，用为阳。每一处都存在着阴阳的属性，用以说明生理的特有的性质和特殊的功能。
在病理方面：根据发病的部位和性质，区别表证属阳，里证属阴；热证属阳，寒证属阴。凡是机能衰弱，如少气、懒言、怕冷、疲倦、不耐劳动等多为阳的不足；物质的损失，如贫血、萎黄、遗精、消瘦等多为阴的不足。因而把一般症状分作四个类型，即阳虚、阴虚、阳盛、阴盛。指出阳虚的外面应有寒的现象，阴虚的里面应有热的现象；相反地阳盛的外面应该热，阴盛的里面应该寒。比如阳盛的症状为发热、口干、呼吸粗促、胸中烦闷；阴盛的症状为怕冷、四肢不温，甚至战栗；但有时阴虚的也能发生脉数、狂妄等类似热证；阳虚的也会有腹内胀满等类似寒证。概括地说，一切亢进的、兴奋的、有热性倾向的都归阳证，衰弱的、潜伏的、有寒性倾向的都归阴证。推而至于外科，阳证多是红肿发热，阴证多是白陷不发热。
在诊断上：如以脉诊来说，分有六个纲要，即在至数上分迟和数，体状上分浮和沉，动态上分滑和涩。数、浮、滑属于阳，迟、沉、涩属于阴；阴脉多见于阴证，阳脉多见于阳证。以舌诊来说，舌质的变化属于血液的病变，色见红、绛，乃是血热属阳，色淡或青，乃是血虚或血寒属阴；舌苔的变化多系肠胃的病变，燥的黄的属阳，潮的白的属阴。所以《内经》上说：“善诊者，察色按脉，先别阴阳。”
在治疗上：表证用汗法，里证用下法，寒证用温法，热证用凉法，都含有阴阳的意义。主要是阳胜则阴病，阴胜则阳病；阳胜则热，阴胜则寒，重寒能现热象，重热能现寒象。所以，《内经》提出了“阳病治阴，阴病治阳；从阴引阳，从阳引阴”等大法。
在用药方面：中药的药性主要是分别气味。一般以气为阳，味为阴。气又分四种，寒、凉属阴，温、热属阳；味分五种，辛、甘属阳，酸、苦、咸属阴。故附子、肉桂、干姜等具有辛热性的称做阳药，能升能散；黄连、银花、龙胆草等具有苦寒性的称做阴药，能降能泻。此外，有芳香健胃作用的如砂仁、豆蔻等，也叫阳药，有滋养肝肾作用的如首乌、地黄等，也叫做阴药。
因为中药的药理，就是中医基本理论在中药学上的运用，所以，要深明中药的气味，必须首先了解中医的阴阳学说，然后才能结合辨证恰当地用药。